projects
oceano2python et python-plots
Deux outils complémentaires pour lire, normaliser, convertir et visualiser des données issues d'instruments océanographiques.
Statut: Outils matures, revus et fiabilisés
Dépôt: GitHub
Documentation: Lien
Version: Telechargement
Présentation
oceano2python et python-plots forment un ensemble cohérent pour traiter et visualiser des données océanographiques issues de campagnes en mer.
Le premier outil lit des fichiers ASCII produits par différents instruments, extrait les métadonnées utiles et convertit les données vers des sorties ASCII, ODV ou NetCDF OceanSITES. Le second exploite ces fichiers, en particulier les NetCDF produits, pour générer des profils, sections et graphiques adaptés à l’analyse rapide ou à la production régulière en campagne.
Rôle de oceano2python
oceano2python sait lire des fichiers provenant notamment de:
- CTD Seabird ou RBR
- bottles
- Sippican XBT
- RDI LADCP
- thermosalinographes Seabird
- COLCOR temps réel
- journaux de bord type CASINO+
L’outil extrait les informations d’en-tête, normalise les données et peut écrire les résultats dans plusieurs formats d’échange. Les versions récentes s’appuient en plus sur une base SQLite3 embarquée pour normaliser, mémoriser et réutiliser les données en mémoire.
Rôle de python-plots
python-plots prend le relais pour la visualisation. Il permet de produire:
- des profils
- des sections
- des nuages de points
à partir de fichiers NetCDF OceanSITES, notamment pour des données de type:
- CTD
- XBT
- ADCP
- TSG
L’outil est adapté aussi bien à une utilisation interactive qu’à une génération automatisée de figures en mode batch, par exemple pendant une campagne.
Complémentarité
L’intérêt principal de ces deux dépôts est leur complémentarité:
- lecture et conversion des fichiers instrumentaux avec
oceano2python - standardisation des sorties vers des formats plus faciles à réutiliser
- visualisation scientifique avec
python-plots
Cette chaîne couvre donc à la fois l’entrée des données et leur première exploitation graphique.
Points techniques utiles
- prise en charge de plusieurs familles d’instruments océanographiques
- génération de sorties ASCII, ODV et NetCDF OceanSITES
- usage de Python pour faciliter les traitements reproductibles
- environnement Conda pour l’installation
- prise en charge de traitements interactifs ou automatisés
- production de graphiques exploitables en campagne ou après mission
Public visé
Ces outils s’adressent aux personnes qui travaillent sur des données hydrographiques ou de trajectoire et qui ont besoin:
- de relire des formats instrumentaux hétérogènes
- de convertir vers des formats plus homogènes
- de produire rapidement des visualisations scientifiques utiles